Постоянная экспозиция музея, выставленная в 11 выставочных залах, демонстрирует посредством подлинных артефактов, визуальных материалов и мультимедийных средств всё многообразие византийской и поствизантийской культуры. Музей располагает прекрасно организованными реставрационными мастерскими, образцовыми хранилищами с археологическими находками, многофункциональным залом и залом для проведения образовательных программ, а также двумя амфитеатрами, магазином и кафе-рестораном. Одно крыло здания предназначено для временных выставок.
Музей размещается в здании, являющемся охраняемым историческим памятником и, одновременно, произведением искусства, построенном между 1989 - 1993 годами по удостоенному награды проекту архитектора и художника Кириакоса Крокоса.
Византийский музей города Салоники был награжден премией «Музей Европы» за 2005 год (на основе единогласного решения Комитета по культуре, науке и образованию Совета Европы) - впервые среди государственных музеев Греции.