Синагога вступила в действие в 1927 году, представляя собой дар Иды Ароести, в то время как для её строительства финансовую помощь оказали также семьи из города Монастири (Битола) бывшей республики Югославии.

Во время нацистской оккупации, Синагога Монастириотон была центром гетто, созданного в центре Салоники. Когда еврейское население города было сослано в концентрационные лагеря, синагога была использована Красным Крестом в качестве склада. По этой причине она не пострадала, сохранившись в хорошем состоянии. Сегодня синагога продолжает действовать для исполнения религиозных потребностей еврейской общины города.