Не часто можно встретить монастырь, расположенный в центре города, но это именно тот факт, с которым мы сталкиваемся в случае обители Святой Феодоры, которая представляет собой оазис умиротворения в гуще шумного городского центра.

Изначально монастырь был посвящен первомученику Стефану. В 1430 году, после падения Салоник под натиском турок, монастырь не был превращен в мечеть, оставаясь одной из трех обителей города, продолжавших функционировать и после его завоевания. В XVIII веке она перестала служить в качестве монастыря, действуя впредь как приходская церковь.

Пожар 1917 года полностью уничтожил кафоликон обители, за исключением звонницы. Новый храм был построен в 1935 году рядом с пострадавшей от пожара старой церкви, в которой хранятся мироточивые мощи Святой Феодоры.

С 1974 года обитель действует как мужской монастырь, а в 1989 году на его территории был основан Центр агиологических исследований Фессалоникийской митрополии. Монастырь содержит на свои средства приют Святого Антония, а также издает книги.